万州区气象局下设7个科室（3个管理机构、4个直属业务单位）：办公室、防灾减灾科、法规科、气象台（万州国家基本气象站）、气象服务中心（防雷中心）、新一代天气雷达站、天城气象站。另区政府设有防雷减灾办公室、人工影响天气办公室、自然灾害预警预防管理办公室（突发事件预警信息发布中心）3个地方气象业务机构。市局设重庆市气象信息与技术保障万州分中心。局机关另设党总支、妇委会、气象学会、工会。局领导班子现有一正二副一纪检组长。
