重庆市北碚区气象局由6个内设机构构成，分为办公室、防灾减灾科、气象台、气象服务中心、北碚区自然灾害预警预防管理办公室、北碚区防雷中心，其中北碚区自然灾害预警预防管理办公室、北碚区防雷中心属于地方事业单位机构。
